控制中央政权，掌握洛阳卫戊军队的兵权极为重要，董卓便具体部署，派心腹大将吕布杀掉执金吾，接收全部京城防卫部队。
从此，董卓不仅控制大量常规部队，而且还掌握着洛阳的直属部队，完全具备了左右朝政的军事基础。这为他的野心进一步膨胀增加了相当分量的筹码。
当时，鲍信就对董卓军事势力的膨胀有较清醒的觉察和认识，他曾对袁绍说：“董卓拥有强兵，素有野心，如果现在不想办法除掉他，今后必将受其牵制。如今董卓军队人员混杂，军心不稳，组织不严，正可趁早除掉。”可是袁绍因惧怕董卓，优柔寡断，未采取行动。
有了强大的军事后盾，董卓便有恃无恐，为所欲为。首先他迫使朝廷免除司空刘弘的职务，自己取而代之。接着，为了进一步独揽中央政权，董卓决定召集文武百官商议废除少帝，另立新皇帝。
在一次会议上，董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立陈留王刘协为天子！”
在场官员大多慑于董卓的yIn威，对他独断专行、随心所欲的行为敢怒不敢言。只有尚书卢植当面提出反对意见，认为少帝只是年纪幼小，行为品性根本就不能与太甲和昌邑王相提并论。
董卓大怒，没想到卢植如此不敬，胆敢当众反对自己，便立即命令士兵将他推出斩首，幸亏侍中蔡邕极力劝阻，卢植才免于一死。
之后，董卓废掉少帝，将他贬为弘农王；另立陈留王刘协，即为汉献帝。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。
于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后（灵帝刘宏的母亲），以致皇太后忧虑而死。
这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。
通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。
董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。
一人得道，鸡犬升天。自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。他首先封自己的母亲为池阳君，越礼配备家令和家臣，地位与皇家公主相当。
同时，董卓又拜弟弟董旻为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓阳君。更有甚者，“卓侍妾怀抱中子，皆封侯，弄以金紫”。
为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛阳西迁至长安。
董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定，任何官员经过他的封地时，都必须下马，恭恭敬敬地对他行大礼。
初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的中央官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。
况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。对此，董卓在玩弄权术的过程中，暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团。
封侯后，董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人。
董卓不光全部恢复陈蕃等人以前的爵位，还擢升他们的子孙，以使他们世世代代为己所用。但实际上士人几乎没有人被董卓所收买的。
据史载，董卓利用手中特权，重新提升和任用大批党人，如吏部尚书周铋、侍中伍琼、尚书郑公业、长史何颥、司空伍处士等。
不仅如此，只要是与以上人员有关的党锢之徒，董卓都把他们拔为列卿，一时之间，“幽滞之士，多所显拔”。当朝家蔡邕也曾被董卓拉拢和征召。
当初，议郎蔡邕因直言上书皇帝而被放逐朔方，后来遇赦返回乡里。当地官吏王智原来与蔡邕有私怨，便弹劾蔡邕有诽滂政府的言论，蔡邕又被迫离家逃命，浪迹江湖，历时十二年。
董卓对蔡邕的盛名和才气早有所闻，便特别征召他进京任官，蔡邕不想再涉及政治，婉言拒绝。董卓便威胁蔡邕：“如不听命，我将诛杀你们全族。”
蔡邕恐惧，只好回到洛阳。董卓大喜，任命他为祭酒，十分敬重蔡邕，后来又不断升迁他的官职。史书载，蔡邕三天之内，历遍“三台”，官至宫廷随从官。